Pavardė „Pratkūnas“ yra lietuviška, kilusi iš profesijos ar veiklos pavadinimo. Ji siejama su žodžiu „pratkūnas“ (arba „pratkus“), kuris reiškė amatininką, dirbusį su odomis – odų pirklį, odų apdirbėją ar batų taisytoją. Tai buvo praktiškas, dažnas pavardės susidarymo būdas, nurodantis asmens užsiėmimą.
Istorijoje žinomas kunigas ir visuomenės veikėjas Antanas Pratkūnas (1870–1955), aktyvus spaudos darbuotojas ir „Žvaigždės“ redaktorius. Šiuolaikiniame kontekste pavardę turi krepšininkas Eimantas Pratkūnas (g. 1994), žaidęs Lietuvos klubųose.