Pavardė „Pilkūnas“ yra kilusi iš žodžio pilkas (spalvos arba žirgo dėmės) ir reiškia pilkaplaukį, pilkažirgį arba žmogų, nešiojantį pilkus drabužius. Tai buvo pravardinė pavardė, galėjusi nusakyti asmens išvaizdą, aprangą ar net turėtą žirgą.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Jonas Pilkūnas (g. 1955) – Lietuvos skulptorius.
Povilas Pilkauskas (1893–1968) – karininkas, vienas Lietuvos kariuomenės kūrėjų (pavardė yra panašios kilmės).