Pavardė Pecukonis yra lietuviška, greičiausiai kilusi iš asmenvardžio Pecukas, o tas – iš slaviškos šaknies, galbūt susijusios su žodžiu pec („krosnis“) arba asmenvardžiu Petras. Gali reikšti „Pecuko sūnus“ arba būti susijusi su amatu (pvz., krosnininkas).
Žymiausias jos nešiotojas – Marius Pecukonis, Lietuvos irkluotojas, dalyvavęs 2004 m. vasaros olimpinėse žaidynėse.