Pavardė „Paliukenis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio „Paliukėnas“ arba „Paliukonis“. Tai galbūt siejama su žodžiu „paliūkė“ (pieva, ganykla), nurodant gyvenamąją vietą arba veiklą. Išskirtinių žmonių, turinčių šią pavardę, istoriniuose ar kultūros šaltiniuose nėra plačiai žinoma.