Pavardė „Pakenis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio Pakenis. Tai galėjo būti pravardė, susijusi su veiksmažodžiu „pakęsti“ (iškęsti, ištverti) arba su žodžiu „kenėti“ (kenkti). Gali reikšti „tas, kuris pakentėjo“ arba „kenkėjas“.
Žymiausias šios pavardės žmogus – Marius Pakenis, Lietuvos krepšininkas, rungtyniavęs Kauno „Žalgiryje“ ir nacionalinėje rinktinėje, vėliau – treneris.
Trumpai: lietuviška pavardė, sietina su kantrumu ar kenkimu, žinomiausias – krepšininkas Marius Pakenis.