Pavardė „Pakarklis“ kilusi iš žodžio, reiškusio budėtoją prie kartuvės arba kalėjimo sargą. Tai buvo pareigos, o vėliau – pravardė, galėjusi pereiti į pavardę.
Istoriniuose šaltiniuose minimas Jonas Pakarklis (XVI a.), LDK valstybinis veikėjas, Mstislavlio kaštelionas. XX amžiuje žymiausias – Pranas Pakarklis (1902–1955), teisininkas, vienas Lietuvos prokurorų generalų, sovietų okupacijos metų politinis kalinys.