Lietuviška pavardė, kilusi iš asmenvardžio Pakajus (galbūt iš lenk. Pakosz). Tai patroniminė pavardė, reiškianti Pakajaus vaikai arba Pakajaus giminės.
Įžymūs žmonės:
Marius Pakajauskas – futbolo teisėjas.
Rimantas Pakajauskas – politikas, buvęs Telšių meras.
Stasys Pakajauskas – žurnalistas, redaktorius.
Pavardė dažniausia Telšių ir Šiaulių rajonuose.