Pavardė „Padaginskis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio Padagys (galbūt susijusio su žodžiu „padagas“ – balno arba kojos diržas). Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Padagio sūnus“.
Istorijoje žinomas kunigas ir visuomenės veikėjas Antanas Padaginskis (1849–1922), aktyvus spaudos draudimo laikotarpiu, vienas „Varpo“ redaktorių.