Pavardė „Nikšas“ yra lietuviška, greičiausiai kilusi iš vardo Nikša – trumpinio iš Nikodemas, Nikolajus ar panašaus. Gimininga latvių pavardei Nikšis.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo – Juozas Nikša (1892–1942), Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, vienas nepriklausomos Lietuvos kariuomenės kūrėjų. Sovietų okupacijos metais 1941 m. suimtas ir kalintas, 1942 m. žuvo lagerio sąlygomis.