Lietuviškos kilmės pavardė, greičiausiai kilusi iš asmenvardžio Nėnius (sušvelninta Nino arba Dominyko forma). Galimi ir kiti variantai – iš žodžio nėnius („kūdikis, mažylis“) arba iš vokiškos pavardės Nennius.
Žymiausi žmonės:
Benjaminas Nėnius (g. 1999) – Lietuvos futbolininkas, žaidžiantis saugu.
Vladas Nėnius (1907–1983) – Lietuvos poetas, vertėjas, literatūros kritikas.