Lietuviška pavardė, kilusi iš asmenvardžio „Nakutas“ (galbūt nuo žodžio „nakti“ arba krikšto vardo Ignas). Gali būti susijusi su vietovardžiu arba šeimos įkūrėjo vardu. Žymiausias – archeologas, istorikas Gintautas Nakutavičius, žinomas dėl tyrimų apie Lietuvos piliakalnius ir senąją kultūrą.