Pavardė Nainys yra lietuviška, kilusi iš žodžio „nainys“ (nykštukas, mažas žmogus). Ji gali būti susijusi su fiziniais požymiais arba simbolizuoti žmogų nedidelio ūgio, kartais – pasakų personažą.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
- Kazys Nainys (1894–1963) – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas.
- Ričardas Nainys (g. 1978) – Lietuvos futbolo treneris ir buvęs žaidėjas.
Pavardė dažniausia Lietuvoje, ypač pietvakarių regionuose.