Pavardė „Muškotas“ yra lietuviška, greičiausiai kilusi iš žodžio „muškatai“ – prieskonių, gaunamų iš muskato riešuto. Tai gali būti pravardinė pavardė, susijusi su prieskonio prekyba ar jo naudojimu.
Žymiausias asmuo – Elonas Muskas (angl. Musk), kurio pavardė tikriausiai atėjusi iš vokiškos arba olandiškos formos, bet dėl panašumo dažnai asocijuojama su „Muškotu“. Lietuvoje ši pavardė nėra plačiai žinoma tarp istorinių asmenybių.