Lietuviškos kilmės pavardė, greičiausiai kilusi iš žodžio „murklys“ (liūdnas, niūrus žmogus) arba panašaus pravardinio vardo. Gali būti susijusi ir su veiksmažodžiu „murkenti“ (niūriai kalbėti, brūzginti).
Įžymūs žmonės:
Mindaugas Murkūnas – Lietuvos slidininkas, olimpietis.
Stasys Murkūnas – Lietuvos kalbininkas, vertėjas.
Viktoras Murkūnas – Lietuvos teatro aktorius.