Pavardė „Muižininkas“ kilusi iš žodžio „muiža“ (dvaras), nurodanti, kad pirmasis jos turėtojas dirbo ar gyveno dvare, galbūt buvo dvaro valdytojas, ūkininkas ar net pats dvarininkas. Tai yra lietuviška pavardė, paplitusi Lietuvoje.
Žymiausi žmonės su šia pavarde:
Stasys Muižininkas – choro dirigentas, pedagogas ir kultūros veikėjas.
Algirdas Muižininkas – ekonomistas, buvęs Lietuvos banko valdybos pirmininkas.
Juozas Muižininkas – dailininkas tapytojas.