Tai lietuviška moteriška pavardė, kilusi iš vyriškos formos „Motiejūnas“. Ji yra patroniminė, t. y. sudaryta iš krikšto vardo Motiejus (iš hebrajų – „Dievo dovana“) ir priesagos, rodančios dukters ryšį su tėvu („-aitė“). Pavardė nurodo, kad moteris yra Motiejūno duktė.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
• Ona Motiejūnaitė – Lietuvos teatro ir kino aktorė.
• Elena Motiejūnaitė – Lietuvos dailininkė tekstilininkė.
• Kristina Motiejūnaitė – Lietuvos archeologė, muziejininkė.