Pavardė „Mikalajūnas“ yra lietuviška, kilusi iš slaviško vardo Mikalojus (atitinka Nikolajus) su priesaga „-ūnas“, nurodančia kilmę arba sūnų. Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Mikalojaus sūnus“.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
- Kęstutis Mikalajūnas – Lietuvos futbolo treneris ir buvęs žaidėjas.
- Arūnas Mikalajūnas – Lietuvos šachmatininkas, didmeistris.
- Viktoras Mikalajūnas – sovietinis karinis veikėjas, generolas.