Lietuviška pavardė „Mikalainis“ yra patroniminė, kilusi iš krikšto vardo Mikalojus (lot. Nicolaus) su priesaga „-ainis“, nurodančia kilmę ar priklausymą. Tai gali reikšti „Mikalojaus sūnus“ arba „iš Mikalojaus giminės“.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo – Juozas Mikalainis (1913–1994), Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, aktyvus rezistencijos dalyvis. Jo vardu pavadinta gatvė Kaune.