Lietuviška pavardė „Mertinaitis“ yra patroniminis vedinys, kilęs iš vardo Mertinas, kuris savo ruožtu yra Martyno kalbinis variantas arba trumpinys. Galutinis priesaga -aitis nurodo sūnų arba kilimą iš tam tikro vyro – „Mertino sūnus“.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo yra Kristupas Mertinaitis (apie 1530–1600), žymus LDK religinis veikėjas, evangelikų reformatų kunigas, vienas iš Baltramiejaus Vilento pagalbininkų, vertęs Bibliją į lietuvių kalbą. Jis dalyvavo kuriant ir redaguojant Daukšos katekizmą.
Trumpai: kilusi iš vardo Mertinas (Martynas), reiškia „Mertino sūnus“. Istorinis paminėjimas – Kristupas Mertinaitis, Biblijos vertėjas ir reformatų veikėjas.