Pavardė „Merkšaitis“ yra lietuviška, kilusi iš žodžio „merkšti“ (reikšti: merkti, mirkti, pvz., apie akis). Tai galėjo būti pravardė, nurodanti akis linkusį žmogų arba susijusi su veiksmažodžiu „merkšenti“ (mirksėti).
Iš šios pavardės žinomiausi žmonės yra:
- Rimantas Merkšaitis (g. 1964) – Lietuvos istorikas, humanitarinių mokslų daktaras, Vilniaus universiteto docentas.
- Vytautas Merkšaitis (g. 1953) – Lietuvos žurnalistas, redaktorius, visuomenės veikėjas.
Pavardė dažniausia Lietuvoje, ypač Rytų Aukštaitijoje (Utenos, Ignalinos rajonai).