Lietuviška pavardė „Mažūnaitis“ yra patroniminė, kilusi iš asmenvardžio „Mažūnas“. Šaknis „maž-“ nurodo į žodį „mažas“, taigi pavardė galėtų reikšti „mažojo sūnus“ arba būti susijusi su nedideliu ūgiu, amžiumi ar statusu.
Žymiausias jos turėtojas – Kęstutis Mažūnaitis (g. 1957 m.), Lietuvos krepšininkas ir treneris, žaidęs Kauno „Žalgiryje“ ir TSRS rinktinėje, vėliau dirbęs treneriu Lietuvoje ir užsienyje.