Pavardė „Matkaitis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio Matas arba Matys (hebrajiškos kilmės vardo Motiejus trumpinys). Tai patroniminė pavardė, reiškiančia „Matkaito (Matso) sūnus“. Lietuvių kalboje priesaga „-aitis“ nurodo kilmę iš tam tikro vyro ar vietovės.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo yra Juozas Matkaitis (1924–1947), Lietuvos partizanas, vienas iš Dzūkijos partizanų vadų, žuvęs kovose su sovietine okupacija.
Trumpai: kilusi iš vardo Matas, reiškia „Matso sūnus“, žymiausias – partizanas Juozas Matkaitis.