Pavardė „Matiliūnas“ kilusi iš krikšto vardo Motiejus (lot. Matthaeus). Tai yra patroniminė pavardė, reiškianti „Motiejaus sūnus“. Lietuviškuose raštuose ji minima nuo XVI a.
Garsiausi žmonės su šia pavarde:
Jonas Matiliūnas – kunigas, vienas 1918 m. Lietuvos Nepriklausomybės Akto signatarų.
Stasys Matiliūnas – architektas, kūręs daug pastatų Kaune (pvz., „Pienocentro“ pastatą).
Eugenijus Matiliūnas – choro dirigentas, ilgametis Vilniaus universiteto profesorius.
Trumpai tariant, tai istorinė lietuviška pavardė, siejama su vardu Motiejus, ir turinti žinomų atstovų kultūroje bei istorijoje.