Pavardė „Martynaitis“ yra patroniminė, kilusi iš krikšto vardo Martynas. Ji reiškia „Martyno sūnus“ arba „kilęs iš Martyno“. Lietuvoje ši pavardė yra gana paplitusi.
Įžymūs žmonės, turintys šią pavardę:
Arvydas Martynaitis – aktorius.
Marius Martynaitis – dailininkas juvelyras.
Vladas Martynaitis – poetas ir vertėjas.
Trumpai tariant, tai – viena dažnesnių lietuviškų pavardių, tiesiogiai siejama su vardu Martynas ir nusakanti kilmę iš to vardo asmens.