Kilminga pavardė, kilusi iš prūsiško asmenvardžio Markus (lotyniškas Marcus). Lietuviškai įgijo priesagą -šaitis, nurodančią sūnų arba kilmę. Taigi, Markšaitis reiškia Marko sūnus.
Įžymūs žmonės:
Stasys Markšaitis – žinomas Lietuvos skulptorius.
Marius Markšaitis – buvęs futbolininkas, žaidęs Lietuvos rinktinėje.