Pavardė „Markarskis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio Markas. Ji gali būti susijusi su žodžiu „marka“ (senovinis piniginis vienetas ar ženklinimas) arba kildinama iš lotyniško vardo Marcus. Lietuvoje žinomi šios pavardės žmonės:
Juozas Markarskis (g. 1942 m.) – architektas, visuomenės veikėjas, signataras.
Viktoras Markarskis (g. 1979 m.) – buvęs futbolininkas, žaidęs gynėjo pozicijoje.
Pavardė dažniausia Lietuvoje, ypač Vilniaus ir Kauno regionuose.