Pavardė „Margaitis“ yra lietuviška, kilusi iš vardo Margis (Margiris). Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Margio sūnus“. Istoriškai garsiausias jos turėtojas – Margiris, legendinis Pilėnų kunigaikštis, minimas XIV a. kryžiuočių kronikose kaip vienas priešinimosi vadų. Šiuolaikinių žymių asmenų su šia pavarde nėra plačiai žinoma.