Lietuviškos kilmės pavardė, greičiausiai kilusi iš žodžio „malakas“ (šnek. – silpnas, gležnas žmogus) arba asmenvardžio Malachijus. Gali būti susijusi su vietovardžiu Malakavas.
Įžymūs žmonės:
- Kęstutis Malakauskas – choro dirigentas, pedagogas.
- Danielius Malakauskas – kunigas, visuomenės veikėjas.
- Algimantas Malakauskas – ekonomistas, politikas.
Pavardė dažniausia Lietuvoje, ypač Šiaulių ir Panevėžio regionuose.