Lietuviška pavardė „Linkūnaitis“ yra kilusi iš asmenvardžio Linkūnas, kuris savo ruožtu siejasi su žodžiu „linkus“ (lenktas, palinkęs). Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Linkūno sūnus“.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
- Kęstutis Linkūnaitis, Lietuvos krepšininkas, žaidęs Kauno „Žalgiryje“ ir nacionalinėje rinktinėje.
- Stasys Linkūnaitis, choro dirigentas ir pedagogas.