Ši pavardė yra kilusi iš žodžio „lelija“ – tai senas lietuviškas terminas, nusakantis gėlę leliją. Pavardė galėjo atsirasti kaip pravardė, siejama su grožiu, dailumu ar net simboline lelijos reikšme.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo yra Jonas Lelis (1883–1959) – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, aktyvus dalyvis Nepriklausomybės kovose.