Lietuviška pavardė „Kurkenis“ yra kilusi iš žodžio kurknys („kurmis“). Tai buvo pravardinis, galbūt nusakantis žmogų, kuris dirbo po žeme ar buvo linkęs slėptis.
Istorijoje žymių žmonių su šia pavardė nėra plačiai dokumentuota. Ji dažniau sutinkama kaip vietovardis – yra kaimai pavadinimu Kurkeniai (Šakių ir Telšių rajonuose).