Pavardė „Kunigauskas“ yra lietuviška, kilusi iš žodžio kunigas (dvasininkas) ir galūnės -auskas, nurodančios kilmę ar priklausomybę. Tai patroniminė pavardė, galinti reikšti „kunigo sūnus“ arba „iš kunigo giminės“.
Istorijoje žymi figūra – Vladislovas Kunigauskas (1849–1905), gydytojas, visuomenės veikėjas, vienas pirmųjų lietuviškų laikraščių „Aušra“ ir „Varpas“ rėmėjas. Šiuolaikiniame kontekste pavardę turi krepšininkas Mantas Kunigauskas (g. 1996), žaidęs Lietuvos klubųose.