Lietuviškos pavardės „Kukutis“ kilmė siejama su žodžiu kukutis, kuris reiškia mažą, gležną žmogų arba vaiką. Tai yra priesagos -utis darinys, dažnai vartotas kaip pravardė, vėliau perėjęs į pavardę.
Žymiausias šios pavardės žmogus – Mikalojus Kukutis (1927–2001), Lietuvos dailininkas, grafikas ir skulptorius, aktyvus rezistencinės organizacijos „Lietuvos laisvės kovotojų sąjunga“ narys.