Lietuviška pavardė „Kukenys“ yra kilusi iš žodžio kukė („kukutis, gegutė“), dažniausiai siejama su žmogaus charakteriu ar elgesiu, pvz., kalbėjimo būdu. Gali būti kilusi iš asmenvardžio Kukys.
Istorijoje žymi šios pavardės asmenybės:
- Jonas Kukenys – Lietuvos kariuomenės karininkas, dalyvavęs Nepriklausomybės kovose.
- Antanas Kukenys – literatūros tyrinėtojas, vertėjas.
Pavardė paplitusi Lietuvoje, ypač Aukštaitijoje.