Krikštonaitis – lietuviška pavardė, kilusi iš krikšto vardo (pvz., Krikštas, Krikštanas), pridedant priesagą -onaitis, rodančią sūnų. Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Krikšto (arba Krikštanų) sūnus“.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
- Marius Krikštonaitis, politikas, buvantis LR aplinkos viceministras.
- Tomas Krikštonaitis, krepšininkas, žaidęs Lietuvos klubuose.