Kilminga lietuviška pavardė, kildinama iš asmenvardžio „Klonius“ (galbūt susijusio su žodžiu „klonyti“ – raityti, kankinti). Garsiausias jos turėtojas – poetas ir vertėjas Kornelijus Kloniūnas (1943–2024), žymus eilėraščiu apie Vilnių „Naktibalda“. Taip pat žinomas architektas Algimantas Kloniūnas. Pavardė plačiai paplitusi Lietuvoje, ypač Vilniaus ir Utenos kraštuose.