Lietuviška pavardė „Klimaitis“ yra kilusi iš asmenvardžio Klimas (lotyniško Kilment arba Klemens trumpinys), reiškusio „švelnus, gailestingas“. Tai patroniminė pavardė, rodanti kilmę iš Klimo – „Klimo sūnus“.
Istorijoje žymiausias jos nešiotojas – Vincas Klimaitis (1889–1942), Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, vienas Lietuvos kariuomenės kūrėjų. Šiuolaikinėje visuomenėje pavardę turi verslininkas ir filantropas Raimundas Klimaitis.