Kilmingos baltų (lietuvių) kilmės pavardė, kildinama iš žodžių derinio: „kiškis“ (gyvūnas) ir „zajančkauskas“ (galbūt susijęs su vietovardžiu arba užsiėmimu). Istoriškai gali būti susijusi su bajorų gimine, kuri naudojo herbinius simbolius (pvz., herbą „Leliva“). Žymiausias jos atstovas – Jonas Kiškis-Zajančkauskas (apie 1588–1646), Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės karinis ir valstybės veikėjas, Kauno pakamaris, LDK kariuomenės vadas per Tridešimtmetį karą.