Pavardė Kežinaitis kilusi iš asmenvardžio Kežys (galbūt iš žodžio „ožys“ arba „ožka“), prie kurio pridėtas priesaga -naitis, nurodanti kilmę arba sūnų. Tai būdinga lietuviška pavardė, dažniausia Kauno ir Vilniaus regionuose.
Įžymiausias jos nešiotojas – Vladimiras Kežinaitis (g. 1946 m.), Lietuvos architektas, visuomenės veikėjas, vienas iš Sąjūdžio steigėjų.