Lietuviškos kilmės pavardė, kilusi iš vyriškos formos „Kernagis“. Tai viena iš daugelio lietuviškų pavardžių, sudarytų prie asmenvardžio pridedant priesagą -ienė, nurodančią ištekėjusią moterį. Pavardė gali būti kilusi iš žodžio „kernius“ (jaunas, stiprus vyras, jauniklis) arba iš asmenvardžio Kernius.
Žymiausias jos nešėjas yra Dalia Kernagienė (g. 1957 m.), Lietuvos teatro ir kino aktorė, ilgametė Kauno valstybinio muzikinio teatro artistė.