Lietuvių kalboje „kenklys“ reiškia kenkėją, žalą darantį organizmą ar asmenį. Ši pavardė galėjo kilti kaip pravardė, nurodanti žmogaus elgseną ar veiklą. Istoriniuose šaltiniuose ji minima nuo XVI a.
Žymiausias jos nešiotojas – Mikalojus Kenklys (apie 1600–1661), Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės raštininkas, diplomatas ir karinis veikėjas, žinomas dėl savo „Dienoraščio“, kuris yra vertingas XVII a. istorinis šaltinis.