Pavardė „Juodkojis“ yra kilusi iš žodžių „juodas“ ir „koja“, greičiausiai žymėjusius žmogų su tamsiais ar neįprastais apatiniais drabužiais, batus ar kojų ypatumais. Lietuvoje žinomi šios pavardės žmonės – politikas Algirdas Juodkojis, buvęs Marijampolės meras, ir krepšininkas Gintautas Juodkojis.