Lietuviška pavardė „Junkūnas“ yra kilusi iš asmenvardžio Junkus, kuris savo ruožtu yra Jono trumpinys. Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Jono sūnus“. Istoriškai tokios pavardės formavosi, pridedant prie tėvo vardo priesagą „-ūnas“.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Arvydas Junkūnas – Lietuvos dailininkas tapytojas.
Mindaugas Junkūnas – Lietuvos irkluotojas, olimpietis.
Povilas Junkūnas – archeologas, humanitarinių mokslų daktaras.