Lietuviška pavardė, kilusi iš asmenvardžio Junkeris (vok. Junker – bajoraitis, jaunas ponas) arba vietovardžio. Gali reikšti „Junkerio sūnus“ arba „kilęs iš Junkerų“. Žymiausias jos turėtojas – poetas, vertėjas Kazys Junkeraitis (1906–1998), žinomas eilėraščiais vaikams ir folkloro rinkiniu.