Pavardė „Jonynas“ yra patroniminė, kilusi iš vardo Jonas ir reiškia „Jonų (arba Jono) sūnus“. Tai viena iš dažnesnių lietuviškų pavardžių, turinčių priesagą „-ynas“.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
Adomas Jonynas (1859–1922) – Romos katalikų kunigas, visuomenės veikėjas, spaudos darbuotojas.
Ignas Jonynas (1884–1954) – istorikas, diplomatas, vienas žymiausių Lietuvos istoriografijos specialistų.
Justinas Jonynas (1889–1954) – dailininkas grafikas, iliustratorius.
Stasys Jonynas (g. 1935) – dailininkas tapytojas, monumentalistas.
Trumpai tariant, tai – lietuviška pavardė, susijusi su vardu Jonas, kurią turėjo keletas žymių kultūros, mokslo ir visuomenės veikėjų.