Pavardė „Jonyla“ yra kilusi iš vardo Jonas, su priesaga -yla, būdinga lietuviškoms pavardėms. Ji gali būti susijusi su asmens kilme, giminystės ryšiais ar buvusia dvarų pavadinimu.
Istorijoje žymiausias šios pavardės atstovas – Antanas Jonyla (1819–1883), Lietuvos rašytojas, vertėjas ir visuomenės veikėjas, aktyviai dalyvavęs XIX a. lietuvių tautiniame atgimime.