Pavardė „Jonyka“ yra lietuviška, greičiausiai kilusi iš vardo Jonas. Ji gali būti patroniminė, t. y. sudaryta iš tėvo vardo pridedant priesagą „-yka“. Lietuvoje ši pavardė nėra plačiai paplitusi, todėl įžymūs jos turėtojai nėra gerai žinomi viešumoje. Galimi variantai – vietiniai istoriniai asmenys arba šiuolaikiniai ne tokie garsūs žmonės.