Pavardė „Jonkus“ yra lietuviška, kilusi iš krikšto vardo Jonas, pridedant priesagą -ukas, kuri reiškia sūnų arba kilimą. Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Jono sūnus“. Žymiausias jos turėtojas – futbolininkas Benjaminas Pavardas (prancūzų kalba pavardė iš lietuviškos kilmės), o Lietuvoje – politikas ir visuomenės veikėjas Vytautas Jonkus.