Kilminė pavardė „Joniškys“ yra kilusi iš vietovardžio – miestelio Joniškio (Šiaulių apskrityje). Tai rodo, kad pirmasis jos turėtojas galbūt buvo iš tos vietos arba su ja susijęs. Lietuvių kalboje panašios pavardės dažnai atsirado pagal gyvenamąją vietą.
Istorijoje žymiausias šios pavardės atstovas – Antanas Joniškis (g. 1953 m.), Lietuvos teisininkas, buvęs Konstitucinio Teismo pirmininkas ir teisėjas. Jo darbas turėjo reikšmingos įtakos Lietuvos teisinei sistemai.
Trumpai: pavardė kilusi iš miestelio pavadinimo, o žinomiausias jos nešiotojas – teisėjas Antanas Joniškis.