Pavardė „Jonikis“ yra lietuviška, kilusi iš vardo Jonas, su priesaga -ikis, nusakančia kilmę arba sūnų („Jono sūnus“). Tai patroniminė pavardė, paplitusi Lietuvoje.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
- Kazys Jonikis – žymias Lietuvos architektas, projektavęs daug pastatų Kaune ir Vilniuje tarpukariu.
- Jonikis minimas literatūroje – pavardė sutinkama J. Tumo-Vaižganto novelėje „Jonikis“, kur personažas simbolizavo tautinį atgimimą.